Das Fachgebiet Kirchengeschichte hat die gesamte Entwicklung des Christentums zum Thema. Hierbei stehen in Forschung und Lehre in Marburg christliche Antike und christlicher Orient ( Prof. Dr. Karl Pinggéra) das europäische Christentum des Spätmittelalters, der Reformation und der Frühen Neuzeit ( Prof. Dr. Wolf-Friedrich Schäufele) sowie der Protestantismus des 19. und 20. Jahrhunderts (Prof. Dr. Jochen-Christoph Kaiser) jeweils im Mittelpunkt von Lehre und Forschung der betreffenden Kollegen.

Wilhelm Münscher (1792-1814) legte mit seinem ‚Handbuch der christlichen Dogmengeschichte’ den Grundstein für einen besonderen Schwerpunkt der Marburger Kirchengeschichte. Gleiches gilt für den reformierten Theologen Heinrich Heppe (1850-1879) mit Blick auf sein Engagement im Bereich der hessischen Kirchengeschichte. Kurzzeitig wirkte auch Adolf Harnack (1886–1888) in Marburg.
Darüber hinaus waren bedeutende Kirchenhistoriker z.B. der vor allem in der Erforschung des mittelalterlichen Papsttums engagierte Carl Theodor Mirbt (1889–1911), der schon als Dreißigjähriger auf eine ordentliche Professur in Marburg berufen wurde, und der Lutherforscher Heinrich Böhmer (1912–1915). Der Kirchenhistoriker, Neutestamentler und Kirchenpolitiker Hans von Soden (1924–1945) war 1933 maßgeblich an der Abfassung des Fakultätsgutachten beteiligt, das die Anwendung des Arierparagraphen in der Kirche ablehnte, sowie der informelle Leiter der BK in Kurhessen-Waldeck, wofür die Nationalsozialisten ihn zwischenzeitlich zwangsemeritierten. Dieses Schicksal wurde 1935 auch Heinrich Hermelink (1918–1935) zuteil, dessen Nachfolge 1935 Professor Ernst Benz (1935–1973) antrat. Parallel wirkte auch der Patristiker Carl Andresen (1956–1961) an der Marburger Fakultät. Mit Peter Kawerau (1961–1979) wurde die Ostkirchengeschichte als eigenständiges Arbeitsgebiet begründet.
Bis heute zählt der Marburger Fachbereich Theologie zu jenen Stätten theologischer Forschung und Lehre, die im bundesdeutschen Vergleich im Fach Kirchengeschichte personell überdurchschnittlich ausgestattet sind.