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Software
Proteinortho - Orthology detection tool
- Zuordnung orthologer Proteine in mehreren hundert Spezies
- Sequenz- und Syntenie-basierte Analyse (Erweiterung POFF)
- optimiert für Mehrkern-Prozessoren und Clusterumgebungen
- geringer RAM-Speicherbedarf
Download & Anleitung für Proteinortho
POMAGO - Multiple Genome Aligner
- Alignment mehrere Genome basierend auf orthologen Regionen
- berücksichtigt Verlust und Zugewinn und Duplikation von Genen sowie genomische Rearrangements
- kommt mit großen phylogenetischen Distanzen zurecht
Download & Anleitung für POMAGO
Galculator - Nucleotide counter for FASTA files
- zählt Mononukleotid-Frequenzen, Dinukleotid-Frequenzen und Gap-Dinukleotid-Frequenzen (XnY)
- sehr geringer Speicherbedarf
- kann bei Bedarf auch sehr viele Daten verarbeiten (im Petabyte-Bereich)