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Software

DNA Helix auf Festplatte
Foto: Colourbox.de

Proteinortho - Orthology detection tool

  • Zuordnung orthologer Proteine in mehreren hundert Spezies
  • Sequenz- und Syntenie-basierte Analyse (Erweiterung POFF)
  • optimiert für Mehrkern-Prozessoren und Clusterumgebungen
  • geringer RAM-Speicherbedarf

Download & Anleitung für Proteinortho

POMAGO - Multiple Genome Aligner

  • Alignment mehrere Genome basierend auf orthologen Regionen
  • berücksichtigt Verlust und Zugewinn und Duplikation von Genen sowie genomische Rearrangements
  • kommt mit großen phylogenetischen Distanzen zurecht

Download & Anleitung für POMAGO

Galculator - Nucleotide counter for FASTA files

  • zählt Mononukleotid-Frequenzen, Dinukleotid-Frequenzen und Gap-Dinukleotid-Frequenzen (XnY)
  • sehr geringer Speicherbedarf
  • kann bei Bedarf auch sehr viele Daten verarbeiten (im Petabyte-Bereich)

Download & Anleitung für Galculator

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