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17. bis 19. Jahrhundert

Als 1607 die Gegenuniversität in Gießen gegründet wurde, verlor die Stipendiatenanstalt 33 der südhessischen Präsentationsstädte. Es blieben nur noch 27 der nordhessischen Präsentationsstädte als Kooperationspartner der Universität Marburg. 

Nachdem im Jahre 1650 die letzten Professoren an die oberhessische Universität Gießen gezogen waren, bestand die Marburger Universität und mit ihr die Hessische Stipendiatenanstalt praktisch nicht mehr. 

Nach der Wiedereröffnung der Universität durch Wilhelm VI. am 16. Juni 1653 veranlasste der Landgraf am 31. Oktober 1653, dass jährlich 400 Gulden aus der Transteuer der Stipendiatenanstalt zuzuweisen seien. Die Präsentationsstädte waren derart verarmt, dass sie keine regelmäßigen Zahlungen mehr leisten konnten. 

1807, wurde Kurhessen ein Bestandteil des Königreiches Westfalen. Jérôme Napoleon regierte es von Kassel aus und dadurch verlor die Stipendiatenanstalt ihre Einkünfte aus der Tranksteuer und war auf Zuweisungen aus dem Staatshaushalt angewiesen.

1811 war der Teil des Kugelhauses baulich verfallen, in welchem die Stipendiaten wohnten. Der Staat bewilligte keine Widerherstellung, und so wurde das Gebäude aufgegeben. 

Für fast 150 Jahre blieb die Wohngemeinschaft der Hessischen Stipendiatenanstalt aufgelöst.

Am 15. Juli 1821 berichtete der Ephorus, dass die Mittel der Stipendiatenanstalt nur noch für die Bezahlung eines Repetenten und zweier polnischer Studenten ausreichten.

Nach den Revolutionsjahren der 1840er wurde am 11. Februar 1849 ein neues Regulativ verabschiedet. Dieses wurder erst im Jahr 2002 durch eine neue Satzung der Bewohnerschaft abgelöst.